randomized and fslmath, fslreorient2st

$code/fsl_sub_hpc_12 randomise -i all_FA_skeletonised.nii -o remit_lme_rand_thalamus -m mean_FA_skeleton_thalamus_dilM.nii -d $d/remit_lme.mat -t $d/remit_lme.con -e $d/remit_lme.grp —T2 

fslmaths Thalamus.nii.gz -bin thalamus_bin  # Thalmus probablistic ROI를  binary mask image로 바꾸는 명령어 

fslmaths thalamus_bin.nii.gz -dilM thalamus_bin_dilM # 그렇게 해서 만들어진 thalamus binary image를 확장 시키는 명령어 

fslmaths thalamus_bin_dilM.nii.gz -mul mean_FA_skeleton.nii mean_FA_skeleton_thalamus_dilM # 이중 thalamus내에 skeleton image만 뽑아서 mask image를 만드는 방법 , 최종 mask image 를 구하는 방법 

for s in `cat 3_remit_lme/subjectlist.txt`;do imcp /ifs/scratch/pimri/posnerlab/1anal/Hellerstein/Pristiq/$s/dmri/dtifit_MD.nii.gz MD_${s};done # imcp는  image만 copy하는 명령어. 

for s in `cat 3_remit_lme/subjectlist.txt`;do imcp /ifs/scratch/pimri/posnerlab/1anal/Hellerstein/Pristiq/$s/dmri/dtifit_FA.nii.gz FA_${s};done

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fslreorient2st filename trasnformed file 

image view가 잘못 되었을 때 수정하는 방법